Prolongation d’un arrêt de travail : règles 2025, délais, indemnisation et erreurs à éviter

Tout savoir sur la prolongation d’un arrêt maladie : règles, délais, indemnisation

La prolongation d’un arrêt de travail assure la continuité des droits, notamment le versement des indemnités journalières sans nouveau délai de carence, à condition de respecter strictement les règles et démarches (délai de 48h, médecin habilité…)

Vous trouverez ci-dessous le détail complet, point par point, pour sécuriser la gestion RH et paie de ces situations lorsque l’arrêt de travail se poursuit au-delà de la période initiale.

Aspect	Essentiel à savoir sur la prolongation d’un arrêt maladie
Qui peut prolonger ?	Seulement le médecin prescripteur initial ou le médecin traitant. Des exceptions existent : médecin remplaçant (de l’un ou de l’autre), médecin spécialiste consulté à la demande du traitant, ou médecin en cas d’hospitalisation. En dehors de ces cas, la prolongation peut être refusée par la CPAM si l’assuré ne prouve pas l’impossibilité de consulter son médecin initial ou traitant.
Quand faire la demande ?	Avant la fin de l’arrêt initial, sans interruption. Le salarié doit prendre rendez-vous avec son médecin prescripteur avant la date de reprise prévue pour éviter toute rupture de prise en charge. Si l’arrêt initial se termine un vendredi, idéalement avant le week-end ou le lundi au plus tard, car les jours non prescrits entre deux arrêts ne sont plus indemnisés.
Démarches d’envoi	Le salarié doit transmettre l’avis de prolongation sous 48h à la Sécurité sociale et à l’employeur. Il doit envoyer les volets 1 et 2 à la CPAM (caisse primaire) et le volet 3 à l’employeur dans les 2 jours ouvrables suivant la date de prescription. En cas de télétransmission par le médecin, il ne reste qu’à envoyer le volet 3. Respecter ce délai conditionne le maintien des indemnités.
Indemnisation	Continuité des indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS). Pas de nouveau délai de carence pour une prolongation immédiate : la CPAM verse les IJ dès le 1er jour de prolongation. Les IJSS restent égales à 50 % du salaire journalier de base (après 3 jours de carence du tout premier arrêt) dans la limite de 360 jours sur 3 ans (hors affection de longue durée). L’employeur continue de verser le complément de salaire selon les conditions habituelles (maintien de salaire légal ou conventionnel) sans nouvelle carence.
Obligations du salarié	Identiques à celles d’un arrêt maladie initial. Il doit suivre les prescriptions médicales, respecter les horaires de sortie autorisée (sauf mention contraire du médecin), se tenir à disposition pour les contrôles de la CPAM ou de l’employeur et ne pas exercer d’activité non autorisée. En cas de manquement, la CPAM peut suspendre les IJ et l’employeur peut sanctionner l’absence injustifiée.
Nouveautés 2024-2025	Dématérialisation et lutte contre la fraude. Depuis 2024, un arrêt prescrit en téléconsultation ne peut excéder 3 jours et pas prolonger un arrêt au-delà de 3 jours, sauf si c’est votre médecin traitant ou en cas d’impossibilité justifiée de consultation physique. Depuis sept. 2024, les week-ends/jours fériés non couverts par un arrêt ne sont plus indemnisés par la CPAM entre deux arrêts successifs. À partir de juillet 2025, les scans ou photocopies d’avis d’arrêt ne seront plus acceptés par la Sécurité sociale – seul le formulaire papier sécurisé original ou la télétransmission seront valides.

Après un arrêt maladie initial, la continuité de l’absence pour raisons médicales entraîne des obligations spécifiques pour le service ressources humaines (RH) et le gestionnaire de paie.

Les règles encadrant cette procédure sont précises et leur non-respect peut entraîner des conséquences financières (interruption d’indemnisation, pénalités URSSAF) ou juridiques (litiges aux prud’hommes).

Ce guide, à jour des dernières réglementations, détaille toutes les démarches administratives à connaître afin d’assurer une gestion conforme et optimisée d’une prolongation d’arrêt maladie. Vous y trouverez un rappel des obligations légales (délais, attestations), des conseils pratiques (suivi DSN, subrogation, paie), des exemples concrets, ainsi qu’une checklist actionnable.

Comprendre la prolongation d’un arrêt de travail

Prolonger un arrêt maladie ne consiste pas simplement à émettre un nouveau document médical. Il s’agit d’une décision prise par le médecin prescripteur, le plus souvent le médecin traitant du salarié, après avoir évalué que l’état de santé nécessite de différer la reprise du travail.

Une prolongation se justifie par exemple en cas de guérison incomplète, de complications liées à la pathologie initiale ou d’une aggravation de l’état de santé.

Du point de vue des RH, il faut absolument distinguer une prolongation d’un nouvel arrêt.

Prolonger c’est pas un arrêt initial

Concrètement, une prolongation est la suite immédiate de l’arrêt initial, sans interruption entre les deux certificats médicaux. Le médecin doit explicitement mentionner qu’il s’agit d’une prolongation (et non d’un arrêt initial) sur le nouvel avis d’arrêt de travail.

En effet, si un jour ou plus sépare la fin du premier arrêt et le début du suivant, les journées non couvertes constituent un trou de couverture qui suspend l’indemnisation et les droits correspondants. Chaque jour non prescrit devient une absence non justifiée médicalement, sans salaire ni indemnité, ce qui complique la gestion administrative et paie du dossier du salarié. Il est donc essentiel que le salarié consulte à temps son médecin (idéalement avant la date de fin de l’arrêt en cours) afin d’éviter toute interruption entre l’arrêt initial et la prolongation.

À titre de tolérance, l’Assurance Maladie dans son forum officiel admet qu’une prolongation puisse ne pas être strictement consécutive dans deux cas :

• Si un week-end ou jour férié empêche une consultation immédiate, ou en cas de reprise de travail très brève (≤ 48h) suivie d’une rechute. Dans ces situations, les jours non couverts ne sont pas indemnisés, mais la prolongation ne subit pas de nouveau délai de carence.
• En revanche, au-delà de 2 jours d’interruption (≥ 72h), la prolongation est traitée comme un nouvel arrêt : les jours non prescrits restent non indemnisés et un nouveau délai de carence de 3 jours s’applique sur l’arrêt prolongé forum-assures.ameli.fr .

Cette distinction impacte directement l’employeur en termes de paie (maintien de salaire éventuel) et de déclarations, d’où l’importance de vérifier la continuité des dates sur l’avis de prolongation.

Enfin, rappelez-vous qu’une prolongation d’arrêt ne peut être délivrée que par le médecin ayant prescrit l’arrêt initial ou le médecin traitant du salarié.

À titre exceptionnel, un autre praticien peut le faire (remplaçant, spécialiste consulté sur demande, médecin hospitalier si hospitalisation) mais le salarié devra en justifier l’impossibilité de voir le médecin initial.

Pour l’entreprise, cela signifie qu’en recevant un avis de prolongation émanant d’un autre médecin sans justification valable, une vigilance s’impose : la CPAM pourrait contester l’indemnisation.

Vérifiez donc l’identité du médecin prescripteur et n’hésitez pas à demander au salarié des explications ou justificatifs si le médecin n’est pas son praticien habituel.

🎧 Podcast – Prolongation d’arrêt de travail : l’essentiel en audio

Dans cet épisode de podcast, on revient en moins de 10 minutes sur les règles concrètes à connaître pour bien gérer une prolongation d’arrêt de travail.

On vous explique notamment qui est habilité à prescrire la prolongation, comment éviter les ruptures de droits et ce que risque l’employeur si les délais ou la conformité du certificat ne sont pas respectés.

Ce format audio vous permet de revoir l’essentiel rapidement, que vous soyez RH, gestionnaire de paie, ou simplement curieux de comprendre les subtilités entre arrêt initial et arrêt prolongé.

Vérifications à effectuer à la réception d’un avis de prolongation

Dès qu’un salarié vous transmet un avis de prolongation d’arrêt de travail (généralement le volet n°3 du formulaire), quelques vérifications immédiates s’imposent du côté RH :

Authenticité et conformité du document

Assurez-vous qu’il s’agit bien d’un certificat médical de prolongation et non d’un nouvel arrêt initial. Le document doit mentionner explicitement la prolongation de l’arrêt, avec les dates de début et de fin mises à jour.

Vérifiez la présence du cachet et de la signature du médecin.

Continuité des dates

Comparez la date de début de la prolongation avec la date de fin de l’arrêt précédent. Idéalement, la prolongation démarre le lendemain du dernier jour couvert par l’arrêt initial. S’il y a une interruption (un ou plusieurs jours sans certificat), identifiez ces jours non couverts et notez qu’ils ne donneront lieu à aucune indemnisation par la Sécurité sociale. Par exemple, si le premier arrêt s’arrêtait au 10 et que la prolongation débute le 13, les 11 et 12 sont des jours sans justificatif médical, donc non rémunérés ni indemnisés.

Médecin prescripteur

Comme évoqué, le médecin doit en principe être le même que celui de l’arrêt initial (ou le médecin traitant). Si ce n’est pas le cas, vérifiez que le salarié a joint un justificatif (ex. compte-rendu d’hospitalisation, attestation du médecin traitant) expliquant pourquoi un autre médecin a prescrit la prolongation.

Dates d’émission et d’envoi

Notez la date à laquelle le médecin a établi la prolongation. Cela vous permettra de contrôler si le salarié respecte les délais d’envoi (voir section suivante). Une prolongation émise il y a plus de 2 jours et reçue tardivement doit alerter le RH sur un éventuel retard de transmission. En effectuant ces vérifications dès réception, vous sécurisez la gestion de l’absence prolongée. En cas d’irrégularité (doute sur la validité du document, retard, discontinuité), il est recommandé de contacter rapidement le salarié pour clarifier la situation ou obtenir les justificatifs manquants.

Mieux vaut résoudre ces points en amont, afin d’éviter tout litige ultérieur avec l’Assurance Maladie ou un contentieux avec le salarié.

Gestion des délais de transmission et relances en cas de retard

Le respect des délais légaux de transmission de l’avis de prolongation est capital pour une gestion sereine du dossier. D’après la réglementation, le salarié doit envoyer l’avis de prolongation à la CPAM sous 48 heures suivant la date de prescription, de même qu’il doit informer son employeur dans ce délai.

En pratique, cela signifie que le volet n°3 devrait vous parvenir très peu de temps après la visite chez le médecin ayant conclu à la prolongation (souvent, le salarié vous prévient immédiatement et vous transmet le document dans la foulée).

Que faire si le document arrive en retard ?

En tant que RH, soyez proactif : si vous n’avez pas de nouvelles du salarié et que la date de fin de son arrêt initial est dépassée, prenez contact rapidement (appel, mail) pour vérifier s’il a repris le travail ou si un prolongement a été prescrit.

En l’absence de réponse ou de document, envoyez une lettre de relance officielle rappelant l’obligation de justifier toute absence sous 48h. Cette démarche est non seulement administrative, mais aussi juridiquement protectrice pour l’employeur : le Code du travail prévoit qu’un salarié qui ne transmet pas son certificat dans les délais commet une faute pouvant justifier une sanction disciplinaire, voire un licenciement pour absence injustifiée.

Documenter vos relances montre votre diligence en cas de conflit ultérieur. Du côté de la Sécurité sociale, un envoi tardif de l’avis de prolongation peut entraîner des pénalités pour le salarié. En effet, la CPAM tolère un premier retard en adressant un avertissement, mais en cas de récidive dans les 2 ans, elle pourra appliquer une réduction de 50 % des indemnités journalières pour la période non couverte entre la prescription et l’envoi.

En tant qu’employeur subrogé (voir plus loin), cela pourrait affecter les remboursements que vous percevez. Il est donc dans l’intérêt de chacun de veiller au respect du délai de 48h.

Bonnes pratiques RH

Informez les salariés (lors de l’embauche ou via une note interne) de l’importance de ces délais. Vous pouvez mettre en place un processus interne : par exemple, au 2ᵉ jour sans nouvelles d’un salarié en fin d’arrêt, la RH émet automatiquement une relance.

Utilisez les outils disponibles : la plupart des logiciels de paie/RH peuvent générer des alertes sur les dates de fin d’arrêt maladie afin de ne pas laisser expirer un arrêt sans action. Cette gestion des délais rigoureuse garantit la conformité de l’entreprise et évite de se retrouver avec des absences injustifiées ou une rupture d’indemnisation.

Actions en paie lors d’un arrêt maladie prolongé

La prolongation d’un arrêt de travail a plusieurs impacts sur la gestion de la paie. Le gestionnaire de paie doit ajuster le traitement de l’absence sur le bulletin de salaire, assurer la continuité du maintien de salaire éventuel, gérer les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS), et effectuer ou mettre à jour les déclarations obligatoires (notamment via la DSN).

Voici les principaux volets à considérer :

Maintien de salaire et bulletin de paie

Pendant un arrêt maladie, le contrat de travail du salarié est suspendu. Cependant, selon l’ancienneté du salarié et les dispositions légales ou conventionnelles, l’employeur doit souvent garantir un maintien partiel du salaire au-delà des IJSS versées par la Sécurité sociale. La loi (article L1226-1 du Code du travail) prévoit qu’après 1 an d’ancienneté, un salarié en arrêt maladie bénéficie d’une indemnité complémentaire de l’employeur en plus des IJSS, à condition d’avoir transmis son arrêt dans les 48h et d’être pris en charge par la Sécurité sociale.

Cette indemnisation légale, appelée couramment complément employeur, correspond à 90 % de la rémunération brute pendant 30 jours, puis deux tiers (66,67 %) les 30 jours suivants travail-emploi.gouv.fr – montants calculés IJSS comprises.

Autrement dit, l’employeur verse de sorte que le total (salaire + IJ) atteigne ces pourcentages du salaire brut. Ces durées d’indemnisation augmentent ensuite avec l’ancienneté (par paliers de 5 ans), et les conventions collectives peuvent prévoir des conditions plus favorables (maintien à 100%, durée allongée, etc.).

Si l’arrêt maladie se prolonge au-delà de la période initiale, le gestionnaire de paie doit continuer à appliquer le maintien de salaire selon les mêmes règles, dans la limite de la durée maximale applicable.

Par exemple, un salarié avec 2 ans d’ancienneté a droit à 30 jours à 90% et 30 jours à 66%. S’il avait déjà utilisé 10 jours d’arrêt initial, il lui reste 20 jours à 90% puis 30 à 66% à couvrir pendant la prolongation.

Pensez à cumuler les durées des arrêts successifs : le Code du travail précise que les durées d’indemnisation légale s’apprécient sur une période glissante de 12 mois mais cela peut être différent selon la convention collective applicable.

Sur le bulletin de paie, on continuera donc à renseigner l’absence pour maladie, en actualisant le nombre de jours indemnisés par l’employeur. Les IJSS, lorsqu’elles sont subrogées (voir ci-dessous), doivent figurer en bas de bulletin et être intégrées dans le net à payer selon les pratiques, mais exonérées de cotisations sociales.

Attention à bien proratiser le plafond de sécurité sociale en cas d’absence non rémunérée.

Si la prolongation introduit des jours non couverts (absence de justificatif médical sur quelques jours), ces journées seront traitées en absence non rémunérée sur le bulletin (pas de maintien ni IJSS) et n’ouvrent pas droit à congés payés.

En résumé, assurez-vous que la paie reflète fidèlement la situation réelle du salarié pendant la prolongation : application du maintien de salaire s’il y a lieu, ou bascule en demi-traitement ou sans solde une fois les droits épuisés, et prise en compte correcte des IJSS dans le calcul du net.

IJSS subrogées : Indemnités journalières et subrogation employeur

Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) sont versées par l’Assurance Maladie au salarié en arrêt maladie à partir du 4ᵉ jour d’arrêt (délai de carence de 3 jours pour un arrêt maladie classique).

Cependant, si l’employeur pratique la subrogation de salaire, c’est l’entreprise qui continue de verser le salaire (totalement ou partiellement) au salarié, et qui reçoit à sa place le paiement des IJSS.

La subrogation est possible si l’employeur maintient le salaire pendant l’absence, à hauteur au moins du montant des IJSS dues.

Elle simplifie la vie du salarié (qui n’a pas de démarche à faire pour récupérer ses IJ) et permet à l’employeur de gérer le complément.

En cas de prolongation, comment cela se passe-t-il ?

Si vous aviez déjà mis en place la subrogation sur l’arrêt initial, celle-ci continue automatiquement pendant la prolongation, dans la limite de la durée de maintien de salaire prévue.

Explication :

Lors de l’établissement de l’attestation de salaire initiale ou du signalement DSN, l’employeur indique en effet la période pendant laquelle il souhaite subroger (par exemple, jusqu’à 60 jours si la convention collective garantie 2 mois de salaire maintenu).

Ainsi, une prolongation ne nécessite pas de nouvelle demande de subrogation tant qu’elle reste dans la période déjà déclarée.

Aucun nouveau signalement d’arrêt n’est nécessaire en DSN pour une prolongation, car la date de fin de subrogation maximale avait déjà été transmise initialement.

En pratique, la CPAM continuera de verser les IJSS à l’entreprise subrogées dues tous les 14 jours environ sans autre formalité.

Point d’attention : Si la prolongation amène le salarié au-delà de la période de subrogation initialement demandée, il faudra mettre à jour la situation.

Par exemple, si vous aviez demandé la subrogation jusqu’au 30 juin mais que l’arrêt est prolongé en juillet, deux cas peuvent se présenter :

• soit le salarié n’a plus droit au maintien (vous ne versez plus de salaire, donc la subrogation s’arrête d’elle-même et la CPAM paiera dorénavant le salarié directement),
• soit vous décidez de prolonger le maintien (selon votre politique interne ou un accord) et il convient alors d’établir une nouvelle attestation de salaire spécifique pour prolongation au-delà de 6 mois le cas échéant.

Une attestation de salaire intermédiaire peut aussi être demandée par la CPAM à certaines étapes (par exemple après 6 mois d’arrêt) afin de reconstituer les droits du salarié.

En subrogation, surveillez bien les retours de la CPAM.

Chaque quinzaine, vous devriez recevoir un Bordereau de Paiement des IJ (BPIJ) récapitulant les IJ versées sur votre compte pour le salarié. Ces bordereaux sont consultables sur le portail net-entreprises et peuvent souvent être intégrés dans votre logiciel de paie (Silae le fait).

Vérifiez qu’ils correspondent à ce que vous avez versé au salarié. En cas d’anomalie (retard de paiement des IJ, montant inattendu, etc.), rapprochez-vous sans tarder de la CPAM ou faites appelle à une entreprise spécialisée du recouvrement des IJSS.

Notez que la moindre erreur dans les dates déclarées peut entraîner des paiements indus : par exemple, si vous avez indiqué une fin de subrogation trop courte, la CPAM pourrait payer le salarié directement au lieu de vous rembourser, engendrant des doublons ou des créances à régulariser. D’où l’importance d’une déclaration initiale rigoureuse et d’un suivi attentif des prolongations.

DSN : déclarations d’arrêt et de reprise

La Déclaration Sociale Nominative (DSN) est le canal unifié pour signaler les absences maladie et reprises d’activité aux organismes sociaux.

En matière d’arrêt de travail, il existe deux modes :

• le signalement d’événement en cours de mois,
• ou la déclaration dans la DSN mensuelle.

La bonne pratique pour accélérer l’indemnisation est d’effectuer un signalement d’arrêt maladie dès connaissance de l’arrêt initial, via votre logiciel de paie ou le site net-entreprises.

Ce signalement comprend notamment les dates de l’arrêt et, si vous maintenez le salaire, les demandes de subrogation (période sur laquelle vous souhaitez percevoir les IJ).

Lorsqu’un arrêt est prolongé, faut-il faire un nouveau signalement DSN ?

Pas nécessairement.

Si lors du signalement initial vous avez indiqué une date de fin de subrogation couvrant toute la durée potentielle de maintien, la CPAM est déjà informée et continuera les paiements.

De plus, l’Assurance Maladie reçoit directement les volets 1 et 2 du médecin en cas de télétransmission.

Ainsi, aucune action DSN supplémentaire n’est requise pour la prolongation elle-même tant qu’elle reste dans le cadre temporel déclaré.

En revanche, assurez-vous d’inclure l’absence prolongée dans la DSN mensuelle (signalement ou bloc absence) pour mettre à jour les données de salaire du mois.

En fin d’arrêt, pensez au signalement de reprise via la DSN si l’arrêt de travail n’est pas prolongé et si le salarié reprend son poste avant la date prévue initialement.

Ce signalement de reprise permet à la CPAM d’arrêter le versement des IJ le cas échéant. S’il n’est pas effectué et que la CPAM verse des IJ en trop, vous pourriez être mis en cause (en tant qu’employeur subrogé) pour ne pas avoir informé de la reprise.

À l’inverse, si l’arrêt se prolonge au-delà de la date initialement prévue, ce sera généralement couvert par l’avis de prolongation sans qu’il y ait besoin de modifier le signalement initial (pas de « signalement de prolongation » distinct).

Attention aux échéances : La DSN mensuelle doit intégrer les informations d’arrêt (dates, IJ subrogées, salaire maintenu…) dans le mois concerné. Un manquement à l’obligation DSN, que ce soit un défaut de déclaration ou une déclaration hors délai, expose l’entreprise à des pénalités financières de la part de l’URSSAF.

Par exemple, ne pas déclarer un arrêt maladie dans la DSN peut entraîner une pénalité forfaitaire par salarié omis . Assurez-vous donc que votre processus interne de paie intègre bien la mise à jour des absences pour éviter tout oubli.

En synthèse, la gestion des prolongations en paie requiert coordination :

• suivre les droits du salarié (maintien de salaire légal ou conventionnel),
• gérer la subrogation et les IJSS,
• et communiquer via la DSN.

Une paie exacte et conforme protège à la fois le salarié (qui reçoit ce qui lui est dû) et l’employeur (qui évite redressements et pénalités).

Contrôles médicaux et interactions avec la CPAM

La prolongation d’un arrêt de travail peut donner lieu à des contrôles, qu’ils soient initiés par l’employeur ou par l’Assurance Maladie, et nécessite un suivi du dossier auprès de la CPAM.

Contre-visite employeur et contrôle de l’Assurance Maladie

En tant qu’entreprise (employeur), vous avez la possibilité de diligenter un contrôle médical patronal, communément appelé contre-visite.

Conformément au Code du travail, dès lors qu’un salarié est en arrêt maladie, l’employeur peut mandater un médecin indépendant pour vérifier que l’arrêt est médicalement justifié. A noter, l’employeur ne peut pas mandater un médecin pour une contre visite médicale en Alsace Moselle.

Ce droit s’exerce y compris pendant une prolongation.

Le médecin contrôleur contactera le salarié (généralement à domicile) pour un examen. Si le salarié refuse le contrôle ou ne se présente pas à la convocation, l’employeur est en droit de suspendre le versement de l’indemnité complémentaire (maintien de salaire) à compter du refus.

C’est un levier dont les RH peuvent informer les salariés afin d’encourager la coopération. Notez que ce refus n’impacte pas les IJSS versées par la CPAM, mais uniquement le complément employeur.

De son côté, la CPAM dispose également d’un service de contrôle médical. À tout moment, elle peut décider de vérifier la réalité de l’incapacité de travail, soit en missionnant un médecin-conseil pour une visite au domicile du salarié, soit en convoquant le salarié à une visite médicale auprès du médecin-conseil.

Le salarié en prolongation d’arrêt est soumis aux mêmes obligations que pour un arrêt initial :

• respecter les horaires de sortie autorisés,
• ne pas exercer d’activité non autorisée, etc..

Si lors d’un contrôle la CPAM estime que l’arrêt n’est plus justifié médicalement (ou constate un manquement du salarié à ses obligations), elle peut suspendre le versement des indemnités journalières.

En tant qu’employeur subrogé, cela signifie que vous ne recevrez plus d’IJ pour les jours jugés injustifiés – et vous pourrez de ce fait cesser le maintien de salaire correspondant, puisque l’une des conditions de l’obligation de maintien est la prise en charge par la Sécurité sociale.

Interaction RH-salarié

Si vous apprenez qu’un contrôle CPAM a suspendu les droits du salarié (souvent le salarié vous transmettra l’information ou vous le constaterez via l’arrêt des paiements IJ), engagez un dialogue avec lui.

En fonction du motif (ex : le salarié n’était pas chez lui lors du contrôle), cela peut relever d’un manquement disciplinaire.

En revanche, si c’est parce que le médecin-conseil a estimé la reprise possible, invitez le salarié à reprendre son poste ou, s’il conteste, à faire valoir ses arguments auprès de la CPAM (via une contestation médicale).

Quoi qu’il en soit, documentez bien ces événements dans le dossier.

Suivi des indemnités journalières et communication avec la CPAM

Une bonne gestion RH implique de rester en contact avec la CPAM tout au long de la prolongation, surtout en cas de subrogation.

Voici quelques points de vigilance et outils disponibles :

Bordereaux IJ et notifications

Consultez régulièrement le BPIJ (Bordereau de Paiement des IJ) mis à disposition sur net-entreprises pour chaque salarié en subrogation. Ce document liste les périodes indemnisées et les montants versés. Comparez-le à vos fiches de paie pour vérifier que tout concorde. En cas de décalage (par exemple, IJ non versées pour certaines journées), contactez la CPAM sans tarder – il peut s’agir d’un oubli d’envoi de document, d’un contrôle en cours, ou d’une erreur administrative.

Attestations de salaire complémentaires

Si la prolongation se prolonge très longtemps (plusieurs mois), la CPAM peut demander une attestation de salaire de reprise ou de prolongation. Par exemple, au bout de 6 mois d’arrêt continu, une attestation spécifique (formulaire dédié) doit être remplie par l’employeur pour mettre à jour le dossier. Surveillez vos courriers ou messages de la CPAM via votre compte employeur sur net-entreprises.

Communication avec la CPAM

N’hésitez pas à prendre contact auprès du service employeur de la CPAM. Avoir les références Sécurité sociale du salarié et les dates d’arrêt/prolongation facilitera les échanges.

Archivage et traçabilité

Conservez précieusement tous les documents liés à l’arrêt et sa prolongation : avis de prolongation, justificatifs, accusés de réception d’envoi, bordereaux IJ, correspondances CPAM, etc.

Cela constitue le dossier complet en cas de contrôle URSSAF ou de contestation ultérieure.

En résumé, une interaction régulière avec la CPAM et une veille sur les documents émis permettent au gestionnaire de paie/RH de s’assurer que tout se déroule correctement pendant la prolongation. Vous anticipez ainsi les problèmes (paiement bloqué, dossier incomplet, etc.) et sécurisez tant les droits du salarié que la situation de l’employeur.

Risques en cas de mauvaise gestion d’une prolongation d’arrêt de travail

Une gestion approximative des arrêts maladie prolongés peut exposer l’employeur à divers risques financiers et juridiques. Voici les principaux écueils et leurs conséquences à prendre en compte.

Redressement URSSAF

En cas de contrôle, l’URSSAF examinera de près le traitement de la paie pendant l’arrêt. Si vous n’avez pas respecté les règles de maintien de salaire, des redressements sont possibles.

Par exemple, si vous avez suite à une prolongation d’arrêt de travail arrêtez de maintenir le salaire, l’URSSAF risque de redresser l’entreprise.

De même, une non-déclaration DSN d’un arrêt ou une omission d’un salarié peut entraîner des amendes (plusieurs dizaines d’euros par mois et par salarié non déclaré). Le non-respect du vecteur DSN obligatoire depuis 2017 est explicitement sanctionné.

Litiges prud’homaux avec le salarié

Si l’employeur gère mal la prolongation, le salarié peut saisir le conseil de prud’hommes. Par exemple, ne pas verser le complément de salaire alors que le salarié y avait droit (ancienneté >1 an et arrêt transmis dans les temps) ouvre la voie à une réclamation de rappel de salaire.

De même, considérer à tort une absence comme injustifiée (alors que le salarié avait envoyé l’arrêt dans les délais, mais peut-être à la mauvaise adresse) pourrait être qualifié de sanction abusive.

Les juges examinent la bonne foi du salarié et la diligence de l’employeur. D’où l’importance de documenter toutes les étapes (réceptions tardives, relances envoyées).

Un cas de contentieux est le licenciement pour absence injustifiée alors que le salarié avait envoyé son arrêt de prolongation dans les délais à la CPAM mais pas à l’employeur : si l’employeur n’a pas correctement informé sur l’adresse ou si le courrier s’est perdu, le licenciement peut être jugé sans cause réelle et sérieuse. La prudence s’impose donc avant toute décision radicale : en cas de doute, mettez en demeure le salarié de fournir les justificatifs avant d’envisager la rupture du contrat.

Non-conformité aux obligations de reprise

Après un long arrêt de travail donc prolongé ou non, une visite médicale de reprise est obligatoire.

Elle doit être organisée par l’employeur dans les 8 jours calendaires suivant la reprise. Cette obligation s’applique dans les cas suivants :

• Arrêt d’au moins 60 jours pour maladie ou accident non professionnel
• Arrêt d’au moins 30 jours pour accident du travail
• Arrêt lié à une maladie professionnelle (peu importe la durée)
• Retour après un congé de maternité

La visite est assurée par le médecin du travail. Elle vise à vérifier l’aptitude du salarié à reprendre son poste, ou à proposer des aménagements ou un reclassement.

Oublier cette visite est une faute de l’employeur pouvant avoir de graves conséquences. Tant que la visite de reprise n’a pas eu lieu, juridiquement le contrat de travail demeure suspendu, et le salarié pourrait refuser de reprendre le travail ou, pire, en cas d’accident à la reprise, l’absence de visite de reprise engage la responsabilité de l’employeur.

Une absence de visite médicale est constitutive d’un manquement à l’obligation de sécurité. Pensez donc à planifier ce rendez-vous en coordination avec la médecine du travail dès que vous connaissez la date de fin de l’arrêt prolongé.

Impact organisationnel et sur la production

Un autre risque, moins juridique mais bien réel, est de perturber l’organisation interne.

Une mauvaise communication sur la prolongation peut conduire à des erreurs de planning (on attend le salarié alors qu’il est encore en arrêt, ou inversement). Cela peut aussi peser sur les équipes si le remplacement n’est pas anticipé.

Ici, le rôle des RH est d’informer le management de la situation dès qu’une prolongation est connue, tout en respectant la confidentialité des raisons médicales.

Réputation et climat social

Enfin, n’oublions pas l’aspect humain. Une gestion diligente et bienveillante des arrêts maladie (y compris prolongations) contribue à un climat social serein et à la confiance des salariés envers l’employeur. À l’inverse, des erreurs ou un manque de compréhension peuvent entacher la relation de travail (employé malade qui doit se battre pour faire valoir ses droits, etc.). Cela peut indirectement représenter un risque (démotivation, turnover, voire atteinte à l’image de l’entreprise si le cas est médiatisé).

En somme, pour éviter ces écueils, suivez de près vos procédures internes, formez vos équipes RH/paie aux évolutions réglementaires, et gardez à l’esprit que la gestion d’une prolongation d’arrêt maladie doit concilier empathie (vis-à-vis du salarié convalescent) et rigueur administrative (vis-à-vis des obligations légales).

Outils utiles pour gérer les prolongations (DSN, Net-entreprises, Ameli, etc.)

Plusieurs outils numériques et ressources peuvent faciliter la gestion des arrêts maladie et de leurs prolongations pour les professionnels

RH et paie

Logiciel de paie avec module absence – La plupart des suites de paie intègrent un suivi des absences pour maladie.

Paramétrez ou vérifiez le paramétrage des droits au maintien de salaire (selon la convention collective) pour que le logiciel calcule automatiquement le complément employeur sur le bulletin. Assurez-vous que la fonctionnalité DSN est activée pour générer les signalements d’arrêt et de reprise.

Portail DSN sur Net-Entreprises

La plateforme centralise les déclarations sociales et vous permet de suivre les comptes rendus de traitement. Net-Entreprises propose aussi des outils de contrôle (DSN-val) pour vérifier vos fichiers avant envoi.

Une rubrique « Arrêt de travail et attestations » vous permet de saisir en ligne une attestation de salaire si besoin (notamment pour les cas à gérer en dehors de la DSN).

Compte employeur Ameli / Services de l’Assurance Maladie

Sur ameli.fr (espace Entreprise), vous trouverez des informations officielles et fiches pratiques, par exemple sur la subrogation ou le maintien de salaire.

Bien que l’essentiel des démarches passe par la DSN, ce site reste une référence pour vérifier la législation à jour (délais, montants IJ, etc.).

Il existe également un forum employeur et un support téléphonique dédié. À noter qu’AmeliPro est le portail pour les professionnels de santé, pas directement pour les employeurs.

Outils de suivi interne (SIRH)

Un SIRH (système d’information RH) peut vous aider à piloter les absences de manière globale. En programmant des alertes (par exemple, rappel 5 jours avant la fin d’un arrêt pour penser à relancer ou organiser la reprise), vous minimisez les oublis.

Certains SIRH offrent des tableaux de bord d’absentéisme qui permettent d’analyser l’impact des absences prolongées sur l’organisation.

Documentation officielle et formation

Gardez sous la main les textes de loi ou guides officiels : par exemple la page du Code du travail numérique sur le maintien de salaire, le mémo de l’URSSAF sur les obligations DSN, le site Service-public.fr pour les obligations du salarié, etc.

Ces sources fiables renforcent votre expertise.

Envisagez également de suivre des formations ou webinars spécialisés (proposés par les Carsat, l’Urssaf ou des organismes de formation en paie) pour rester à jour des dernières évolutions (par ex. dématérialisation totale des avis d’arrêt, changements de barèmes IJ, etc.).

En exploitant ces outils et ressources, vous gagnerez en efficacité et en sécurité dans la gestion des arrêts maladie prolongés.

La clé est de bien paramétrer vos systèmes en amont et de vous appuyer sur les informations officielles pour asseoir des pratiques conformes (gage d’expertise et d’autorité vis-à-vis de votre entreprise et des organismes sociaux).

Tableau récapitulatif des principales étapes de gestion d’une prolongation d’arrêt de travail du point de vue RH

Pour synthétiser, voici un tableau récapitulatif des principales étapes de gestion d’une prolongation d’arrêt de travail du point de vue RH, avec les actions à mener et les points de vigilance associés :

Étape / Situation	Action RH	Points de vigilance
Réception d’un avis de prolongation (volet 3 reçu du salarié)	Vérifier la conformité du certificat (prolongation, dates, signature médecin)   Enregistrer l’absence prolongée dans le système RH/paie   Informer le manager de la nouvelle période d’absence	Continuité des dates sans interruption   Médecin prescripteur autorisé (médecin traitant ou initial):   Respect du délai d’envoi (48h)
Absence de nouvelle (arrêt fini, pas de certificat prolongatif reçu)	Contacter rapidement le salarié (appel, mail) pour situation   Envoyer une lettre de mise en demeure de justificatif sous 48h	Risque d’absence injustifiée (sanction possible)   Bien documenter les relances (preuves écrites)
Transmission à la CPAM (volets 1&2 par salarié ou médecin)	S’assurer que le salarié/medecin a bien envoyé les documents à la CPAM   Si retard constaté, accompagner le salarié dans une éventuelle justification écrite	Délai légal 48h pour envoi CPAM   En cas de retard répété : pénalité 50% IJSS sur période
Paie du salarié en prolongation (maintien de salaire et IJSS)	Calculer le maintien de salaire dû (selon ancienneté/conv.coll.)   Intégrer les IJSS subrogées en paie (exonérées de cotisations)   Contrôler le bon versement des IJSS par CPAM (BPIJ)	Application correcte du complément employeur (90%, 66%…)   Plafond SS et congés payés à ajuster si absence non rémunérée   Suivre les bordereaux de paiement IJ sur net-entreprises
DSN et attestations (déclarations sociales)	Si pas déjà fait, émettre le signalement d’arrêt DSN initial   Pas de nouveau signalement pour prolongation (si déjà couvert)   Intégrer l’absence dans la DSN mensuelle   Si reprise anticipée, émettre le signalement DSN “Reprise suite à arrêt de travail”	Vigilance sur les dates de subrogation déclarées:   Respect des échéances DSN (sinon pénalités URSSAF)   Attestation de salaire spéciale si >6 mois d’arrêt
Contrôles et suivi (pendant la prolongation)	Informer le salarié de la possibilité d’un contrôle médical (employeur ou CPAM)   Mandater un médecin contrôleur si nécessaire (contre-visite patronale)   Suivre les correspondances de la CPAM (notifications, convocations)	Contre-visite : suspension maintien salaire si refus du salarié   Contrôle CPAM : suspension IJ si non justifié   Visite médicale de reprise obligatoire dans certains cas
Préparation de la reprise (fin de l’arrêt prolongé)	– Obtenir le certificat médical final de reprise du salarié – Organiser la visite de reprise avec la médecine du travail – Mettre à jour le planning/congés et informer le manager de la date de retour	• Visite de reprise obligatoire après une absence longue (Code du trav.) • Adapter le poste si nécessaire (avis du médecin du travail) • Clôturer le dossier absence (archiver documents, vérifier soldes CP)

Ce tableau sert de mémo rapide pour les professionnels RH/paie afin de ne rien oublier dans la gestion d’une prolongation.

Chaque étape doit être menée avec attention pour garantir la conformité et le maintien des droits du salarié.

FAQ – Questions fréquentes des RH sur la prolongation d’arrêt maladie

Quelles démarches l’employeur doit-il effectuer lors d’une prolongation d’arrêt de travail ?

L’employeur (via son service RH) doit en premier lieu vérifier le certificat de prolongation reçu : s’assurer qu’il s’agit bien d’une prolongation faisant suite immédiate à l’arrêt initial, vérifier les dates et la signature du médecin. Ensuite, il convient d’enregistrer l’absence prolongée et d’en informer les responsables concernés en interne. Il faut aussi respecter les obligations déclaratives : transmettre l’attestation employeur avec les dates de subrogation à la Sécurité sociale (via la DSN) si ce n’est pas déjà fait, et adapter le bulletin de paie en conséquence (maintien de salaire, indemnités journalières subrogées, etc.). Enfin, le RH doit anticiper la reprise en programmant la visite médicale obligatoire si le type d’arrêt l’exige, et prévoir le retour du salarié.

Faut-il envoyer une nouvelle attestation de salaire à la CPAM en cas de prolongation ?

Si vous avez déjà transmis une attestation de salaire (ou un signalement DSN) lors de l’arrêt initial couvrant la période de maintien de salaire, il n’est généralement pas nécessaire d’envoyer une nouvelle attestation pour une prolongation. La prolongation est automatiquement prise en compte par l’Assurance Maladie grâce au certificat médical du médecin, sans formalité supplémentaire. Toutefois, deux cas peuvent exiger une nouvelle attestation :

• si la prolongation fait dépasser la période de subrogation/maintien initialement prévue (par ex. arrêt qui se prolonge au-delà de la durée de maintien déclarée, ou au-delà de 6 mois – utiliser alors le formulaire dédié)
• Si aucune DSN n’avait été faite initialement. En résumé, pas de double envoi inutile : vérifiez d’abord ce qui a déjà été déclaré.

Une prolongation entraîne-t-elle un nouveau délai de carence des IJSS ?

Si la prolongation suit immédiatement l’arrêt initial sans interruption, alors non, il n’y a pas de nouveau délai de carence de 3 jours : les indemnités journalières de Sécurité sociale continuent sans attendre (car c’est considéré comme le même épisode de maladie).

En revanche, si une interruption s’est glissée entre les deux (par exemple quelques jours sans arrêt car le salarié n’a pas pu voir le médecin à temps et n’était pas couvert le week-end), ces jours ne seront pas indemnisés, et si l’interruption a dépassé 2 jours, la CPAM traite la prolongation comme un nouvel arrêt – appliquant à nouveau 3 jours de carence. À noter que pour de très courtes interruptions (cas tolérés d’un week-end ou de 48h maxi sans travail effectif), l’Assurance Maladie ne réapplique pas la carence sur la prolongation, bien que les jours sans certificat restent non payés. L’employeur doit donc examiner la situation : pas de carence en plus si l’enchaînement est direct, carence de nouveau si reprise du travail entre-temps ou retard prolongé.

L’employeur peut-il contester ou faire contrôler un arrêt maladie prolongé ?

Oui. L’employeur dispose du droit d’organiser une contre-visite médicale pendant l’arrêt maladie, y compris lors d’une prolongation. Sauf en Alsace Moselle. Il mandate pour cela un médecin indépendant qui vérifie le bien-fondé médical de l’arrêt. Si le salarié fait obstacle à ce contrôle (refus de rendez-vous, absence injustifiée lors de la visite), l’employeur peut suspendre le versement du complément de salaire prévu par le Code du travail. En parallèle, la CPAM peut de son côté diligenter un contrôle via son médecin-conseil. L’employeur ne “conteste” pas directement l’avis du médecin traitant (il ne peut pas faire annuler un arrêt), mais via le contrôle médical, il peut faire constater une éventuelle fraude ou fin anticipée de l’incapacité. En cas d’avis du médecin contrôleur concluant à une aptitude, la CPAM peut stopper les IJ et l’employeur peut alors cesser de maintenir le salaire. Pour engager une contre-visite, mieux vaut passer par une société de médecins contrôleurs agréés et en informer le salarié du processus. C’est un outil de prévention des abus.

Quels sont les risques pour l’entreprise en cas de mauvaise gestion d’une prolongation ?

Une mauvaise gestion peut coûter cher. D’une part, l’URSSAF peut infliger des pénalités : par exemple, ne pas déclarer l’absence en DSN ou mal calculer le maintien de salaire (exonérations indues) peut donner lieu à des redressements avec intérêts de retard. D’autre part, le salarié pourrait saisir les prud’hommes s’il subit un préjudice : absence de paiement d’une somme due (complément de salaire non versé alors qu’il y avait droit), sanction injustifiée pour soi-disant “absence injustifiée”, etc. Les juges examinent si l’employeur a respecté ses obligations (comme organiser la visite médicale de reprise, sous peine de violation de sa sécurité) et s’il a fait preuve de diligence et de bonne foi. En cas de faute avérée de l’employeur, des dommages-intérêts peuvent être alloués en plus du rappel de salaires. Il y a aussi un risque de désorganisation interne (par ex., si on oublie de prolonger un CDD de remplacement faute d’info sur la prolongation, causant une vacance de poste). Enfin, au-delà des aspects financiers/juridiques, une mauvaise gestion ternit la confiance des salariés et peut nuire à la réputation de l’entreprise. En somme, le risque zéro n’existe pas, mais en suivant les bonnes pratiques (celles exposées dans ce guide), on s’en prémunit largement.